Вероятно как-то неправильно загрузили карту.

Нет, скорее всего, проблема в том, что карта Незера была на сервере с ядром Paper, а теперь, я хочу загрузить его на сервер с ядром Vanilla. Если проблема в этом, то как быть?

Может конфликтовать, да.
А другие карты нормально работают?

Карта верхнего мира работает отлично, хотя также стояла на сервере с Paper, но вот Незер чистый. Помогите пожалуйста, мы там столько ферм настроили

Вы можете заново загрузить эту карту в отдельную папку на сервер, назвав её, например, my_nether. Затем удалите папку ghw4_the_end, которая у вас сейчас есть. После этого переименуйте my_nether в ghw4_the_end и запустите сервер. Всё должно сработать.

Вы наверное имели ввиду ghw4_nether, а не ghw4_the_end?

Вы наверное имели ввиду ghw4_nether, а не ghw4_the_end?
Всё верно. Ошибся.

Не сработало

Не сработало

Так может просто координаты не те? Как вы определяете, что не сработало? Можете написать?