Зашёл в Незер и там тот же самый мир, но только полностью чистый, будто зашёл в первый раз. Координаты те же

Сравните количество файлов в оригинальной папке ghw4_nether/region и в папке на хостинге. Если они совпадают, то, вероятно, проблема в координатах. Возможно, вы просто появляетесь не в том месте, где находятся ваши постройки.

Количество файлов идентично, но проблема точно не в координатах. Я могу объяснить, как всё было. Сервер был запущен с ядром Paper на версии 1.21.3., но спустя время, было решено перейти на ядро Vanilla на версии 1.21.4. Перед установкой ядра с официального лаунчера Minecraft, я скачал карты оверворлда, незера и энда сервера, на случай, если они не сохранятся после переустановки ядра. Зайдя на сервер, оверворлд остался прежним, но в Незере всё откатилось к нулю. Я принял решение воспользоваться скачанной картой Незера, но ничего не изменилось. Примечание: при откате на Paper 1.21.3, с Незером всё в порядке, но стоит запустить Vanilla 1.21.4, Незер становится вайпнутым

Тогда получается на  Vanilla 1.21.4 не работает? В этом проблема?

Получается так, но почему?

Получается так, но почему?
Иногда разные версии могут генерировать миры по-разному, из-за чего миры могут не совпадать.

А с Paper 1.21.4 пробовали?

Что посоветуете?

Как раз таки ради Ваниллы мы и затеяли переустановку ядра

Что посоветуете?

Попробуйте с Paper 1.12.4. Но версия правда пока что в разработке, но всё же стоит попробовать.

https://papermc.io/downloads/paper