Почитаете инструкцию Velocity внимательно, там написано как это исправить. 
А откуда должен взяться файл paper.yml при использовании Spigot?

Я прочитал внимательно, и не нашёл.

В spigot.yml нужно bungeecord: true указать, разве там не написано? Или всё таки не читали?
И кроме этого в самом конфиге Velocity нужно настройки делать, тоже там прочитайте, всё подробно расписано.

Вот в официальной документации: https://docs.papermc.io/velocity/player-information-forwarding

Настройка пересылки для Spigot 
Чтобы Spigot или Paper понимали данные, пересылаемые Velocity, измените значение параметра 
bungeecord: false на true в файле spigot.yml, а затем перезагрузите сервер.