Вполне таки понятный способ краша, очень древний и распространённый - это тупо спамят ботами. 
Есть специальные проги для этого.
Воспользуйся фильтром стран на странице управления сервером, включи чтобы могли входить только с России и Украины, ботов станет меньше и возможно малое количество не осилит положить твой сервер.
Кстати, это одна из самых Важных причин не делать громоздские Спавны, как любят обычно делать школьники.  Потому как при входе нового игрока пожирается огромное количество ресурсов на передачу игрокоу чанков спавна.  А если игроков за одну секунду входит очень много, то естественно будет КРАШ. 

Сергей,  А вообще есть способы решения. Плагины там может какие нибудь?

Я все включил фильтры по странам. Но, эти боты так же спамят консоль.

Скриншот с консоли: 
 Поставил фильтр, запретил страны, но все равно крашит сервер

DarkNess,  попробуйте установить плагин. например этот - https://www.spigotmc.org/resources/anti-bot-attack.18540/