Судя по индикаторам у вас процессор и не нагружен вовсе.
Возможно TPS у вас падает из-за ферм.
Не слишком ли много животных?

Нет у нас мало животных

Нет у нас мало животных
Ну как бы судя по выводу из консоли их у вас более 1000

Если удаление животных не так критично, то можете проверить, поднимется ли TPS после их удаления.
В консоль killall all animals world

Понял, скоро вам отпишу

Здравствуйте! У вас не с процессором проблема, у вас оперативную память сборка очень много потребляет. 
Обратите внимание: пустой сервер расходует больше 7 гигабайт. В таком случае для игроков остаётся лишь 1 гигабайт 477 мб.
Большую часть памяти в вашей сборке потребляет плагин на дополнительные миры. Multiworld.

Мы недавно поменяли плагин с MultiVersCore на MultiWorld, Поможет ли нам если мы докупим оперативную память до 16гб?
Можно у вас для тестов, на 1 день попросить увеличить объём оперативной памяти до 16384, так я пойму стоит ли докупать или нет.